São compostos não digeridos pelo organismo animal (são resistentes à acidez gástrica, a hidrólise enzimática e absorção gastrintestinal), mas seletivamente fermentados pelos microorganismos do trato gastrintestinal (são fermentados pela microbiota benéfica – estimulação seletiva do crescimento e/ou atividade), que podem estar presentes como ingredientes da dieta ou adicionados a ela através de fontes exógenas concentradas. Inulina e os mananoligossacarídeos (MOS) são exemplos de prebióticos. Produzem ácidos graxos de cadeia curta (AGCC) que melhoram a absorção e possuem efeitos tróficos para os colonócitos.