É composta por microorganismos residentes do intestino. Existem bactérias que contribuem para a saúde intestinal (como Bifidobacterium e Lactobacillus) e outras com potencial de causar malefícios (como Clostridium e E. coli). Alimentos com fibras prebióticas auxiliam na proliferação de bactérias benéficas e, consequentemente, na saúde intestinal, além da imunidade local e sistêmica.